Flatpak’s são programas distribuídos por vários projetos, um dos mais famosos é o Flathub. Adicionando seu suporte você terá maior variedade de programas disponível para seu sistema, assim como os tutoriais de pós instalação e Snap no Fedora. Você pode ter todos ativos ao mesmo tempo sem problemas de conflito entre programas.
Você pode gerenciar flatpak’s via interface gráfica no GNOME Software ou Discover (do KDE) basta ter o pacote “flatpak” instalado (se caso tiver o GNOME Software instalado já terá o flatpak também) então basta adicionar o flathub, caso não:
No terminal instale o flatpak:
sudo dnf install flatpak
adicione o flathub:
flatpak remote-add --if-not-exists flathub https://flathub.org/repo/flathub.flatpakrepo
E Reinicie.
Via GUI, opção 1:
Agora adicione o suporte a apps do Flathub:
clique aqui para adicionar via GUI GNOME software / discover
Agora atualize na aba “Atualizações”
Então já poderá pesquisar e instalar mais de 600 flatpak’s do flathub atualmente:
Via GUI, opção 2:
Acessando o flathub clique em “install” em qualquer app:
Então clique em “OK” para abrir com o GNOME Software, que se encarregará de adicionar o flathub e instalar o programa, para que os app’s apareçam na loja quando você for instalar os próximos flatpak’s:

Ao clicar em “Instalar” na GNOME Software, irá pedir a senha, porém apenas esta vez, pois estará adicionando um novo repositório flatpak (o flathub) nas próximas não necessitará de senha:

No Discover ficará assim:

Dicas!
No KDE Plasma e outras DE’s talvez seja necessário encerrar a sessão (apenas na primeira vez) para os ícones dos flatpak’s instalados aparecerem no menu.
Para dar permissão em pontos de montagens / partições a alguns flatpak’s, poderá usar o Flatseal ou via terminal.
obs: pode mudar a linha em “/run/media” para qualquer ponto de montagem que você precisar, como: “/media” ou /mnt”
sudo flatpak override --filesystem=/run/media com.valvesoftware.Steam
Após isso já poderá adicionar partições de jogos no Steam via Flatpak.
Para tutorial mais detalhado e mais possibilidades como instalar flatpak’s na sua home, veja este vídeo:
Você pode gerenciar programas via terminal se preferir, para saber mais consulte a documentação oficial http://docs.flatpak.org/en/latest/using-flatpak.html#
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